Con una dimostrazione di ostinazione, l'Omnitrix trasforma Ben in Materia Grigia e lo lascia in questa forma per molto più tempo del solito. Durante questo tempo, Materia Grigia viene catturato da un uomo ossessionato dagli alieni, Howell Wayneright. Ben riesce a mettersi brevemente in contatto con Gwen e Max prima che una società segreta di cavalieri moderni malvagi, conosciuti come "L'Organizzazione", si impadroniscono sia di Materia Grigia che di Howell. I due lavorano insieme per scappare e scoprono velocemente una stanza piena di tecnologia extraterrestre, con la quale l'Organizzazione potrebbe impadronirsi del mondo. Materia Grigia sabota uno degli oggetti per innescare un'esplosione atta a distruggere la base dell'Organizzazione. Enoch, il leader dell'Organizzazione, ordina ai suoi uomini di trovargli informazioni sui Tennyson.
