La Segunda Temporada de Ben 10 Omniverse se centra en muchos nuevos villanos, esta temporada se centra en la inminente venganza de Malware contra Ben 10, en la temporada se regresan viejos villanos como Trumbipulor, Fistrick, etc. Se descubre que sucedió con Kevin y Gwen, la venganza de la Facción contra Azmuth.
Personajes:
Presente:
- Ben
- Rook
- Gwen
- Kevin
- Abuelo Max
- Magistrado Patelliday
- Argit
- Blukic
- Driba
- Rook Da
- Rook Bralla
- Rook Shar
- Rook Shi
- Rook Shim
- Young one
- Profesor Blarney T. Hokestar
- Pax
- Profesor Paradox
- Azmuth
Pasado
Orden (capitulos 11-20) (Orden original)
- 11: Muchos Regresos Felices
- 12: De Pesca
- 13: Estallido
- 14: Bluckic y Driba visitan al Sr. Smoothies
- 15: Factor Malware
- 16: Hermanos en el espacio
- 17: Desarrollo suspendido
- 18: Rules of Engagement
- 19 y 20: Confrontación
Orden en LA
- 1: Muchos Regresos Felices (Estreno 7 de Enero 2013)
- 2: De Pesca (Estreno 14 de Enero 2013)
- 3: Blukic y Driba visitan al Sr. Smothies (Estreno 21 de Enero 2013)
- 4: Factor Malware (Estreno 28 de Enero 2013)
- 5: Desarrollo Suspendido (Estreno 4 de Marzo 2013)
- 6: Hermanos en el Espacio (Estreno 11 de Marzo 2013)
- 7: Hagamos Un Trato (Estreno 18 de Marzo 2013)
- 8: Ben Otra Vez (Estreno 25 de Marzo 2013)
- 9,10: Confrontación (Estreno de Ambas Partes, 31 de Marzo 2013)
Villanos
Villanos (Presente):
- Princesa Looma
- Lord Gar
- Krakken
- Capitán Kork
- Mechaneer
- Trumbipulor
- Ratas Robot de Trumbipulor
- Malware
- Khyber
- Mascota de Khyber
- Dr. Psychobos
- Billy Billones
- Mazuma
- Muroides
- Fistrick
- Sunder
- Skreegit
- Eon
- Secuaces de Eon
Villano Principal de la Temporada
Villanos (Pasado):
- Princesa Looma (Recuerdo de Argit y Kevin)
- Lord Gar (Recuerdo de Argit y Kevin)
- Malware
- Khyber
- Billy Billones
- Eon
- Crooks